Lorsque de l'eau de condensation appropriée est disponible à faible coût, les condenseurs à condensation par eau sont préférés car ils entraînent des pressions de condensation plus basses et un meilleur contrôle de la pression de refoulement. L'eau, en particulier des sources, est généralement beaucoup plus froide que la température de l'air pendant la journée. Lorsque des tours de refroidissement sont utilisées, la température de l'eau de condensation peut être abaissée à un point très proche de la température ambiante du bulbe humide.
Ceci permet une recirculation continue de l'eau de condensation et réduit sa consommation au minimum. Les condenseurs refroidis par eau peuvent être très compacts en raison des excellentes caractéristiques de transfert de chaleur de l'eau.
