Dal primo carico di alimenti da congelare, lo stoccaggio deve essere effettuato in partite che non superino il 5% della capacità del congelatore e tra 12 e 24 ore tra un lotto e l'altro. Un congelatore di 280 litri, ad esempio, dovrebbe ricevere solo 14 chili di cibo alla volta.
Gli alimenti dovrebbero andare al congelatore già raffreddato, essendo prima messi in contatto con le piastre fredde e possono essere impilati dopo essere stati congelati. Durante la ricarica del congelatore, non toccare i cibi freschi se congelati.
Scrivere l'inventario alimentare per iscritto, prelevare i prelievi e utilizzare ciascun compartimento per un dato tipo di prodotto facilita il controllo del magazzino e della manipolazione degli alimenti.